El IDER ha implementado, hasta el momento, tres Programas de Investigación y Desarrollo los cuales tienen los siguientes Objetivos Estratégicos:

INTELIGENCIA COMPETITIVA REGIONAL,
PROSPECTIVA Y VIGILANCIA TECNOLÓGICA

Comprender y generar propuestas para potenciar las capacidades de Ciencia, Tecnología e Innovación del Sistema Nacional y los respectivos Sistemas Regionales de Innovación
Coordinador: Mg Ronald Cancino Salas

INSTITUCIONALIDAD Y
POLÍTICAS PÚBLICAS

Proponer reformas institucionales y políticas públicas para el avance del proceso de descentralización y desarrollo local/regional
Coordinador: Dr. Heinrich von Baer von Lochow

COMPETITIVIDAD Y
DESARROLLO TERRITORIAL

Generar conocimiento y propuestas aplicadas a las realidades comunales y el contexto de sus respectivos territorios para mejorar la gestión municipal con participación de los agentes territoriales del desarrollo.
Coordinador: Jorge Petit - Breuilh  Sepúlveda